传世的《伤寒论》载方113首,《金匮要略》载方245首,不计两书并见的重复方,计有323个方剂。这些方剂,大多有理有法,组方谨严,选药精当,药味不多,主次分明,变化巧妙,深为古今中外之医家所折服,如麻黄汤、麻杏石甘汤、四逆汤、茵陈蒿汤、桂枝汤、五苓散、大承气汤、白虎汤、当归芍药散等一大批方剂,经久不衰,至今常用。古今大量著名方剂,都是以这些方剂为基础,化裁而成;或是效法仲景,依据理法而选药组成。所以,《伤寒杂病论》历来被推崇为“方书之祖”。在制剂方面仲景方亦发明良多,其桂屑着舌下方、蜜煎导、阴中坐药蛇床子散、大建中汤之水煎去滓后纳入饴糖、大乌头煎之取煎液入蜜再煎,实为后世舌下含化剂、肛门栓剂及阴道栓剂和糖浆剂的肇始。对剂型的选择,如十枣汤中因甘遂、大戟、芫花的逐水成分为非水溶性之物,而以之为散,用枣汤吞服。麻子仁丸因作润肠缓下之用,且主药麻子仁富含脂肪油,故用蜜丸剂。治蓄血重证,病势急而其人发狂者,用抵当汤急治之;其轻证,易以抵当丸缓治之。都是因证、因药而灵活决定剂型的典范。
魏晋南北朝时期,长期分裂鼎峙,政权频繁更替,战乱不息,社会动荡,药材的生产、运输、贸易受到严重影响。在这特殊的历史条件下,临床制方选药,多注重实用,略于理论探讨,提倡用药简捷。当时临床医学逐步向专科分化,与之相应的专科用方也得以蒐集成册,如龚庆宣的《刘涓子鬼遗方》,便是现存最早的外科专用方书。又因这一时期服石成风,为金石所误,以致中毒者,也极为普遍。所以,还出现了五石散等一批服石之方及皇甫谧《论寒石散方》等书;为救治服石中毒,又有若干解毒药方,如释道和《寒食散对疗》、《小品方》卷9专论石发病的治疗方剂等,亦应时而生。