根据考古发掘的文物资料推断，人类最初的疾病主要有龋齿、牙周病等口腔疾病，动物咬伤、击伤、刺伤及骨折等骨伤疾病，难产及新生儿夭折十分常见，食物中毒、肠胃病、皮肤病等也是常见疾病。在与这些疾病的斗争过程中，原始人创造了最初的医疗方法，这也就是医药的起源。
内服药的起源：在采集野果、种子和挖取植物根茎的过程中，原始人类由于没有经验，不能辨别植物是否有毒，在饥不择食的情况下，往往会误食一些有毒的植物，引起腹泻、呕吐、昏迷，甚至导致死亡。经过长期的实践，人类逐渐掌握了一些植物的形态和性能，了解到某些植物美味可口，面另一些却苦涩难咽;有的植物有毒，有的植物无毒。人们将味美无毒的植物采集来作为食品，把有毒的植物用于制作毒药、毒箭，射杀猛兽。以后，人们又渐渐发现有时患病偶然食用了某种植物，病情就得到缓解，甚至痊愈。同时也发现有的植物尽管有毒，但是适量食用也可以收到治疗疾病的效果。这样，人类就逐步积累起了对植物药的认识。古代史书中有关神农尝百草的传说记载，实际上就是对人们认识植物药的实践过程的反映。狩猎和渔业的发展，使原始人有了较多的肉类、鱼类及蚌蛤类食物。渐渐地，人们了解到某些动物的脂肪、血液、内脏及骨骼、甲壳等的食用价值和治疗作用，从而积累了一些动物药知识。总之，植物药、动物药知识的积累都离不开人们的长期生产实践和生活实践。中国民间流传的“药食同源”的说法，正是对植物药、动物药起源的真实写照。以后，随着采矿业的发展，人们对矿物的认识不断加深，逐渐掌握了某些矿物的性能，从而发现一些矿物的治疗作用，积累了有关矿物药的一些知识。
外治法的起源：在狩猎及寻找食物的过程中，会与野兽搏斗或发生部族之间的争斗，因此外伤是很常见的。起初，人们只是随便用树叶、草茎、泥灰涂敷在伤口上，久而久之，发现某些植物的叶、茎对伤口有特殊的治疗作用，从而发现了一些外用药，积累了药物外敷的经验。当受外伤身体局部出现疼痛和肿胀时，人们会本能地用手在受伤部位抚膜。这些简单的动作可以起到散淤消肿、减轻疼痛的作用。这可以说是原始按摩法的起源。
在外伤出血的情况下，人们会用手指在伤口周围压迫，或用泥土、捣烂的植物茎叶涂敷于伤口上。在这种下意识的简单处置过程中，人们逐渐发现某些植物具有止血作用，从而产生了最初的治疗体表出血的方法。
在原始人开始使用火之后，逐渐发现在烧石取暖的过程中，因受寒湿引起的疾病得以减轻，从而开始有意识地用这种方法治疗寒湿疼痛等症，这就是热熨的起源。随着生产工具的改进以及原始人类与疾病做斗争的经验积累，人们逐渐掌握了用兽角、棘剌、甲壳、兽骨、鱼刺等作为工具在人体上进行去除异物、开放脓肿、施行放血等外科手术。据考证，原始人忤用燧石刀切除脓肿或施行剖腹产、截肢、穿耳、穿鼻及穿颅术等外科手术。
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