(1)中医药理论体系研究
以中医药理论的系统研究为出发点，在整理分析以往研究成果的基础上，充分应用现代科学成果和多学科方法，深入阐明其独特有效的系统思维模式及其知识体系，阐明其基本理论的概念内涵、生理观、病理观和治疗观的现代生物学基础及其逻辑关系，人与自然和谐的医疗养生保健理论等，揭示中医药学认识自然、人体、生命、疾病现象及其相互关系的规律。
(2)临床基础理论研究
以满足临床辨证论治需求为出发点，系统分析以往临床研究成果，重点开展病因病机与治法理论、脏腑经络理论、证候与辨证论治、中医药防治重大疾病和疑难疾病的研究以及相关临床疗效评价的基础研究，经穴特异性及
针灸治疗机理、养生保健与疾病预防方法等研究；并针对目前死亡率较高的重大疾病和难以解决的慢性复杂性疾病的基础理论问题开展示范研究。
(3)中药基础理论研究
重点开展中药药性理论、四气五味、归经理论、
方剂配伍理论、中药复方药效物质基础和作用机理等研究，对中药道地药材、中药药性理论和方剂配伍理论进行科学表征，探索方剂多组分的药物代谢与相互作用关系，研究中药复方组成成分的量效、时效、谱效和毒效关系等。
(4)医学发展模式研究
在整合中医药学和现代医学优势及各自成功经验的基础上，按照医学的自然科学和人文科学的双重属性，根据未来医学发展模式，探索建立以系统-动态的观点和分析-综合的方法，对个体生命的健康、亚健康和疾病发生、发展、演变、转归过程进行认知和干预，并形成统一的理论体系和标准规范指导临床实践，以维护人类健康、提高生命质量的医学科学，为创建具有中国特色的新医药学打下基础。
4.标准规范研究
以构建符合自身特点的中医药标准规范体系、提高中医药标准水平为目标，在借鉴现代医药和其他国家传统医药经验的基础上，争取使中医药标准规范成为国际传统医药标准规范。
(1)中医药标准体系的构架
建立国际社会能够认可的医疗、教学、科研、产业、市场准入等中医药标准体系框架，重点开展建立中医药基础标准与技术标准的内容、方法、要求和规范研究，中医药名词术语及译释规范化、中医药计量(化)等研究，制定中医药信息分类与代码标准等。
(2)中医技术标准研究
以突出辨证论治特色的中医药临床诊疗技术标准规范研究为重点，研究建立中医疾病和证候分类标准、临床诊断和疗效评价标准、中医诊疗技术操作标准、诊疗仪器研制标准等。
