1955年，江苏省中医进修学校招募学员。尽管在当地继续行医能够名利双收，但周仲瑛却毫不迟疑地参加了选拔考试，并顺利入选。
入学后，周仲瑛惊喜地发现，这里的任课教师邹云翔、曹鸣皋、时逸人、王慎轩、樊天徒等都是很有名望的老中医。在进修学校学习期间，他不仅重新温读了许多中医专著，同时还接受了西医学知识，开拓了思路，增长了见识，为后来的科学研究奠定了扎实的基础。
1956年开始，周仲瑛留在江苏省中医院担任住院医师。
医 术
传统绝学 实效为凭
复法组方 显示奇功
30岁的奚先生半年多来感觉浑身乏力、食欲不振，而且有尿黄的症状。经检查，他的肝功明显异常，全身皮肤高度黄染。一家大医院诊断为“慢性重型病毒性肝炎，”经过1个多月的治疗，仍没有改善。
周仲瑛诊察后，认为其“慢肝久病，肝脾两伤，湿遏热郁，久病络瘀，湿甚于热”，并为其开了理气化湿、清热解毒、祛瘀退黄的药。奚先生服药1周后病情有所改善，复查肝功能、黄疸指数均有下降。调理两周，黄疸稳步下降，肝功继续改善，症状明显减轻。
周仲瑛主张，在处理这些证候兼夹、病机错杂的疑难病证时，需要将两种以上的治法联合起来应用，以取得更好效果、这种联合组方的方法就是复法。复法主次兼顾，各个击破，是治疗疑难病证的重要方法。复法组方治疗疑难病是周仲瑛最具特色的学术经验之一。
急症同样也是周仲瑛长期致力研究的领域，并且大量的治疗案例在很大程度上打破了人们对于“中医是个慢郎中”的偏见。
有位50岁的妇女，患有原发性血小板减少症，使用大剂量激素和免疫抑制剂，病情未能好转。后来因为感冒发烧，引发肺部感染导致呼吸衰竭。周仲瑛诊察见其皮肤有大块的出血瘀斑，喉中伴有浓痰声，呼吸急促且神志不清。认为此证属于络热血瘀，阴络受损，迫血妄行，痰热壅肺，肺失清肃。周仲瑛为其开处方服药3剂之后，病人神志清醒，出血停止。
有位12岁的小学生，突然发高烧39.2℃，头痛、呕吐，继则抽搐，呼吸急促，神志不清。西医诊断是流行性乙型脑炎(重型极期)。周仲瑛见其面部发紫，脖子僵硬，舌鲜红而苔黄腻，辨证为暑温，气营两燔，便立即用他研制的清气凉营注射液，同时配合补液、纠正呼吸衰竭、脱水等对症疗法，两小时后该患者额头开始微微出汗，体温逐渐下降;1天后体温降到正常，神志清醒;5天后症状基本消失，1周便康复出院。
像这样的例子不胜枚举，实际上，周仲瑛曾用中医中药救治过大批急危重症病人。
他用泻下通瘀合剂治疗流行性出血热肾功能衰竭少尿期202例，总有效率达到96.5%;他用清气凉营法治疗病毒感染性高热361例，病种包括出血热、乙型脑炎、流行性腮腺炎等，99.17%的患者都获得治愈，病死率仅为0.83%。
丰富的经验积淀使周仲瑛对中医急症充满了信心。周仲瑛认为，中医急症、疑难重症是最能彰显中医优势特色的领域，“继承发展中医急症医学是振兴中医药学的关键。”
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