《本经》对每味药所记载的内容，有性味、主治、异名及生长环境。如“当归味甘温，主咳逆上气，温疟寒热洗洗在皮肤中，妇人漏下，绝子，诸恶疮疡金疮，煮饮之。一名干归。生川谷。”这些内容以当时的水平来衡量，是比较切实的。
《本经》不仅记载着365种药的性味、主治等内容，还在其《序录》中简要地提出：“药有酸咸甘苦辛五味，又有寒热温凉四气及有毒无毒。”“疗寒以热药，疗热以寒药，饮食不消以吐下药……各随其所宜”等基本理论及用药原则。并总结了“药有君臣佐使”，“有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者”等药物配伍方法。为了保证药物质量，还指出要注意药物的产地，采集药物的时间、方法、真伪。制成各种剂型，要随药性而定。用毒药应从小剂量开始，随病情的发展而递增。服药时间应按病位所在确定在食前、食后或早晨、睡前服药。如此等等，对临床用药都有一定的指导意义。
《本经》是汉以前劳动人民在实践中所积累的用药经验的总结，它将药物分为上、中、下三品，是中药学按功用分类之始。它所述的药物主治大部分是正确的，有一定的科学价值。如水银治疥疮，麻黄平喘，常山治疟，黄连治痢，牛膝堕胎，海藻治瘿瘤。不但确有实效，而且有一些还是世界上最早的记载。如用水银治皮肤疾病，要比阿拉伯和印度早500-800年。
《本经》的问世，对我国药学的发展影响很大。历史上具有代表性的几部《本草》，如《本草经集注》、《新修本草》、《证类本草》、《本草纲目》等，都渊源于《本经》而发展起来的。但由于历史条件的限制，其中未免掺杂了少数荒诞不稽之说。如朴消“炼何服之，轻身神仙”，太一余粮“久服轻身飞行千里神仙”，泽泻“久服能行水上”，水银“久服神仙不死”等等。这些唯心之说，与当时迷信方士(僻海》1979年版方士条：“中国古代好讲神仙方术的人”)有一定的关系。对此，当本着去芜取精的精神，批判地继承其正确的内容。
《本经》原本早已散佚。现所见者，大多是从《证类本草》、《本草纲目》等书所引用的《本经》内容而辑成的。由于重辑者的着眼点和取材不同，因而各种辑本的形式和某些内容有一定的差异。常见的辑本有：
1.卢复辑《神农本经》三卷(公元1602~1616年，明万历30-44年)。是从《证类本草》和《本草纲目》中摘出所引的《本经》原文编辑而成。
2.孙星衍、孙冯翼同辑《神农本草经》三卷(公元1799年，清嘉庆4年)。是从《证类本草》上的白字辑出。并在每条正文之后，引用了《吴普本草》、《名医别录》、《淮南子》、《抱朴子》、《太平御览》、《尔雅》、《说文》等古书，详加考证，引证详实，资料丰富，是较好的一种辑本。
3.顾观光辑《神农本草经》四卷(公元1844年，清道光24年)此书分序录、上品、中品、下品四部分。药品次序是依照《本草纲目》卷二所载《神农本草经》目录排列的。经文均依《证类本草》。唐、宋类书所引有出于《证类本草》之外的，也一并辑入。
4.森立之(日本人)辑《神农本草》四卷(公元1854年，日本嘉永7年，清咸丰4年)。依据《千金方》、《医心方》、《唐本草》、《证类本草》、《本草和名》等重辑而成。别作“考异”，附之于后。
5.王阎运辑《神农本草经》三卷(公元1885年，清光绪11年)。是从《证类本草》辑出。王氏对医学和考据学都不是内行，所以此书内容是比较草率的。
6.姜国伊辑《神农本经》一册，未分卷(公元1892年，清光绪18年)。是根据《本草纲目》等辑成。
上述六种辑本，以孙、顾的辑本流行较广。这些辑本经重辑者的研究考证，基本上已接近原来的面目。
主要研究著作
《神农本草经》是汉代本草官员的托名之作，后因战乱丧失。仅存四卷本(见陶弘景序)，经魏晋名医迭加增订，又产生出多种本子，陶隐居称之为“诸经”。陶弘景“苞综诸经，研括烦省”作《本草经集注》，以《集注》为分界点，对《集注》以前的多种《本草经》，称之为陶弘景以前的《本草经》;收载在《集注》中的《本草经》，称之为陶弘景整理的《本草经》。陶弘景整理的《本草经》存于历代主流本草中;陶弘景以前的《本草经》散存于宋以前的类书和文、史、哲古书的注文中。
本书的作者尚志钧先生不但对主流本草中保存的陶弘景整理的《本草经》文加以全面的辑复校注，而且对古书所引的陶弘景以前的《本草经》佚文也进行了堪称全面细致的辑校分析。并将50余年的学海探索所得，撰成说理有据、资料详实的源流考，以飨读者。略言之，《神农本草经校注》的主体内容分三部分：1、陶弘景整理的《神农本草经》的全面辑校;2、古书所引的《本草经》佚文的全面辑校;3、《神农本草经》文献源流考。
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