苗族的宗教信仰主要是原始宗教,重视拜山神、树神、猎神、雨神、火神等自然神祝,遇有暴风骤雨,要烧黄腊祭鬼;小孩生病,要拜献石头神;大人生病,要杀猪祭水井神,并取“灵水”治病;家有不幸,要“做牛鬼”,即“推牛还愿”,祈求神灵保佑。相信财神,并有“开财门祭”,祭瞬钉一方尺红布于门上,魔公呛咒,杀鸡献祭,以示求财。
祖先崇拜在苗族中也很盛行,最大的祭祖节日是每年秋后的“西松”节;平时家人遇到认为不吉利的事,或做恶梦等,要杀鸡祭祖,并请魔公呛咒转达子孙对祖先神灵的祈求。部分苗族也信仰道教。祟奉观音、关帝、天王菩萨和盘瓢等神。有的苗族称巫师为“白马”,有的称为“昂”,有的称为“宛能”,昭通部分苗族称为“波摩”。
“波摩”曾有用汉文书写、读士音的经书。近百年来,基督教、天主教传人云南苗族地区,并在昭通、楚雄、曲靖等地分别成立基督复临安息日会演中分会(在富民)、基督教布道公会(在禄丰)、西南基督教联合会(在元谋)、西差会的内地会(在武定)以及石门坎教堂等教会组织,致使部分苗族信奉基督教和天主教。
苗族过去信仰万物有灵,崇拜自然,祀奉祖先。“祭鼓节”是苗族民间最大的祭祀活动。一般是七年一小祭,十三年一大祭。于农历十月至十一月的乙亥日进行,届时要杀一头牯子牛,跳芦笙舞,祭视先人。食时邀亲朋共聚一堂,以求增进感情,家庭和睦。