消化科是南京市中医临床重点专科建设单位，以传统中医中药和现代医疗技术相结合治疗消化系统多发病、常见病，对各种疑难病如溃疡性结肠炎、反溃性食道炎等疗效独特，多次获市科技进步奖。
急诊科是南京市中医临床重点专科建设单位，集120急救、急诊、抢救、ICU留观病房为一体，设有内、外、妇、儿、骨伤、五官、口腔、眼科诊室，运用中西医结合综合手段及现代化的医疗设备救治各类危急重症患者。
养生康复中心以突出传统医疗优势，针对亚健康人群和特需医疗市场的需要，利用中医中药的独特优势，构建了高层次的诊疗服务平台，强调未病先治的观点和个性化服务理念为服务对象设计了独特有效的保健和治疗方案。开展药茶、药浴、按摩、推拿、理疗、药膳、名专家方剂及膏滋等康复医疗。
医疗技术的全面发展，带来了科研、教学上双丰收。近五年，医院获市以上科技进步奖20多项，科研工作还实现了数项“零的突破”：首次承担国家级十五攻关项目并与2007年通过验收；首次获国家自然科学基金资助和江苏省自然科学基金资助；首次获教育部博士点基金项目资助。教学队伍不断壮大，教学水平明显提高，1998年医院为江苏省医药院校附属教学医院首批达标单位，人才培养初见成效，一批中青年学科带头人及其后备人员脱颖而出，深受群众欢迎的名中医数量不断增加。多年来一直承担南京中医药大学理论教学，近五年带教实习毕业生4000多人次，先后多次被江苏省中医药管理局、南京中医药大学评为教学管理先进单位。针灸科还是南京中医药大学国际教育学院针灸教育培训基地，已为30多个国家和地区培训针灸医师千余人。
医院现为中国中医药学会肛肠分会、江苏省中医脑病专业委员会、江苏省中医儿科专业委员会、南京市中医药学会及南京针灸学会的挂靠单位。医院广泛开展国际学术交流，先后有30多位专家赴日本、美国等20个国家和地区讲学、访问；日本、奥地利等十多个国家医学专家来院访问与学术交流。
开放进取的南京中医药大学第三附属医院（南京市中医院）将继续发扬“敬业、仁爱、求实、创新”的医院精神，坚持中西医结合，坚持继承与创新，坚持以病人为中心，坚持诚信为本，一个基本现代化的南京市中医院将成为祖国医学园地上一支更加艳丽的奇葩！
公交车乘坐方法：
1 、南京车站－夫子庙（南京市中医院）
南京车站（1 路）－夫子庙
2 、长途东站－夫子庙（南京市中医院）
长途东站 (北)坐311路在杨公井换乘1路 /游2路到夫子庙( 太平南路 )
3 、南京汽车站－夫子庙（南京市中医院）
南京中央门汽车站（1 路）- 夫子庙
4 、汉中门－夫子庙（南京市中医院）
汉中门坐9路/5 路、在新街口(东) 换乘1路到夫子庙(太平南路)
5 、中山码头－夫子庙（南京市中医院）
中山码头（31 路）－建康路 ( 长白街 ) (步行三百余米)
主办：云南省中医药学会云南省中西医结合学会云南省针灸学会云南省民族民间医药学会
承办：云南省中医药学会中医药文化与信息化建设专业委员会
运营维护：国医在线运营发展中心
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