定植后3─5年即可收获,以4年为佳。8月采收者称伏货,水分较多,容易加工,质韧色白,但其质量和产量均偏低。10月采收者称秋货,质地较硬,加工较难,但其质量和产量均较高。采挖要选在晴天进行,将植株根部全部挖出,抖去泥土,剪下鲜根,置阴凉处堆放1─2天,待其稍失水分而变软(习称跑水),除去须根(丹须),用手握紧鲜根,扭裂根皮,抽出木心。优质药材凤丹皮均不刮皮,直接晒干。根条较粗直、粉性较足的根皮,用竹刀或碎碗片刮去外表栓皮,晒干,即为刮丹皮,又称刮丹、粉丹皮。根条较细、粉性较差或有虫疤的根皮,不刮外皮,直接晒干,称连丹皮,又称连皮丹皮、连皮丹、连丹。在加工时,根据根条粗细和粉性大小,按不同商品规格分开摊晒,以便投售。
药用牡丹亩产鲜根800─2000kg。折干率为30─35%。